药学部是集药事管理、药品采购供应和调剂、临床药学服务、药物临床试验和科研教学为一体的综合性服务部门。下设药品供应组以及西药科、中药科、静脉用药调配中心、临床药学科、药物临床试验科五大专科。现有工作人员113人，其中高级职称24人，中级职称48人；博士1人，硕士30人，本科57人。2017年获批国家药物临床试验机构、中华医学会临床药师学员培训中心，是中山大学、暨南大学、广州医科大学等6所高校药学专业实习基地。拥有广东省妇幼保健协会药学专业委员会和广东省女医师协会中药专业委员会两个省级主委单位。

      科室倡导“阳光文化”，员工坚持廉洁从业，用阳光的制度规范行为，用阳光的心态敢于担当。坚持服务模式、管理模式、宣教模式创新，由传统的窗口服务向“健康教育服务、用药咨询服务、网络宣教服务”延伸转变。开设更年期、妊娠哺乳期用药咨询门诊；创新“妇幼+中医药”服务模式，开发妇幼特色中药膏方、开展临方散剂调配新业务等，为患者提供更加便捷和个性化的用药服务。

      近5年获得国家级课题1项，省部级课题等14项；发表SCI文章15篇，累计影响因子＞80；中文核心期刊论文130余篇；获得国家发明专利3项，实用新型专利15余项；获得院级以上荣誉与奖励170项。2015年被授予“团青之家”荣誉称号，2018年被授予国家级青年文明号；获评2017~2018年度“广东省五四红旗团组织”、“青年志愿者服务岗”；广东省卫生健康委直属机关2017~2019年先进基层党组织、广东省直属机关工作委员会2019年先进基层党组织以及2020年广东省卫生健康委直属机关“模范党支部”称号；连续多年被评为医院先进党支部。

      药学部以医院等级评审为契机，建立妇幼药事质量管理体系，搭建基层医院药事管理交流平台，开展“走基层 强管理，妇儿用药安全万里行”活动，帮扶基层妇幼保健院20余家，带动全省妇幼保健机构不断提高药事管理水平，努力开创妇幼药学发展新局面。