先天性心脏病发病原因很多，在一个病人身上很难有确切的证据找出发病原因。但不外乎有以下原因：

1、遗传因素：兄弟姐妹同时患先心病、父母与子女同时患先心病的情况并不多见，而且其疾病性质甚为近似。若母亲所生的第一胎患有先心病，第二胎患病的可能性为2％左右；若连续两胎皆为先心病者，再生的先心病儿可能增至10％。若母亲患有先心病，第二代患先病的危险性为10％。近亲婚配是使胎儿致畸而发生先心病的高危因素。

2、药物：孕妇在妊娠早期接触致畸药物，如抗癌药物甲糖宁、锂、苯妥英钠或类固醇等，都可导致胎儿先心病的患病率达到2％。

3、妊娠早期受到放射性物质如X射线、同位素等过量照射。

4、孕妇患有糖尿病、高钙血症而未经治疗和控制病情者，可致胎儿先天性心脏病的危险性为2％，如果妊娠早期病情控制稳定，则危险性下降。

5、妊娠早期病毒感染：妇女在怀孕最初3个月，特别是怀孕3周－8周，如孕妇患风疹、流行性 感冒、腮腺炎、柯萨奇病毒感染，胎儿易发生心脏血管畸形。其中风疹病毒是引起胎儿先心病的主要罪魁祸首。

6、孕妇不良嗜好。孕妇嗜好“吞云吐雾”或丈夫吸烟、妻子“被动吸烟”可使胎儿畸形或发生先心病。吸烟母亲所生婴儿的先心病发病率是不吸烟母亲的二倍。夫妻“酒后同房受孕”，会使胎儿染色体发生异常，生下患酒精中毒症的婴儿，大多数伴有心脏血管异常。